5月10日上午，在江苏尼众佛学院教导长慧吉法师主持下，南京市鸡鸣寺住持、江苏尼众佛学院莲华法师在开幕式上向大家重点介绍了此次研讨会的缘起，并向来自全国的莅会代表表示热烈欢迎与衷心感谢。南京大学中华文化研究院院长、江苏尼众佛学院院长赖永海教授在研讨会上发表重要演讲，对南朝佛教的学术价值进行了系统评估，呼吁大家进一步重视南朝佛教的研究，为这一领域的研究贡献更多有益成果。江苏省佛教协会副会长、南京市佛教协会会长、栖霞寺方丈隆相大和尚代表南京市佛教协会致辞，法师在致辞中介绍了南京悠久的佛教历史文化，同时他表示，作为第四届金陵礼佛文化月的一项重要活动，此次研讨会得到了社会各界的广泛支持和热情参与，这对进一步推广南京佛教文化发展，促进金陵佛教事业发展具有重要意义。中共南京市委统战部副部长、南京市宗教局李兰局长在开幕式上作重要讲话。李兰局长在讲话中对此次研讨会的顺利召开表示热烈祝贺，充分肯定了此次研讨会对提升南京佛教学术形象的重要意义，并祝研讨会圆满成功。
开幕式上，江苏省宗教事务局顾传勇副局长，南京市人大民宗侨外委朱淮宁主任，南京市政协社法委员会孙绵琪主任，江苏省佛教协会副会长、南京市佛教协会会长、栖霞寺方丈隆相大和尚，南京大学中华文化研究院院长、江苏尼众佛学院院长赖永海教授，南京鸡鸣寺住持、江苏尼众佛学院常务副院长莲华法师等领导、专家、法师共同为“同泰佛学研究院”揭牌。顾传勇副局长向赖永海教授颁发“同泰佛学研究院院长聘书”。
“同泰佛学院”的成立旨在提高江苏尼众佛学院的教学、教研水平，突出佛学院特色，“同泰佛学研究院”下设有“南朝佛教研究中心”、“梵文佛典研究中心”、“佛教英语教学研究中心”、“佛教艺术研究中心”、“佛教素食研究中心”，并邀请大德知识参与研究与教学，为佛教培养高水平、高素养的研究型尼众人才。
参加此次研讨会开幕式的领导、专家、法师还有南京市政协社法委员会主任孙绵琪主任，南京市宗教事务局局长李兰，南京市宗教事务局副巡视员张卫萍，江苏省佛教协会副秘书长陈建华，南京市佛教协会副会长马荣恩，南京市佛教协会副会长、南京清凉寺住持理海法师，南京市佛教协会副会长刘大任，南京图书馆馆长徐小跃，南京大学图书馆馆长洪修平，东南大学人文学院教授董群，南京大学社科处处长王月清，中国社会科学院《世界宗教研究》杂志社社长黄夏年，北京大学外国哲学研究所研究员、哲学系教授、佛教研究中心主任姚卫群等。
开幕式结束后，赖永海教授主持研讨会主题演讲，黄夏年教授、姚卫群教授、杨维中教授、净因法师、刘成有教授分别发表了《刍议梁武帝的<涅槃经>经名、释义与分段之翻译问题》、《南朝佛教中的“师说”与相关印度佛典》、《东晋时期建康佛寺略述》、《江淮——中国佛教的发祥地之一》、《略论竺道生的顿悟及其思维方式》等重要佛教学术论文，并肯与会人员进行了深入的交流探讨。
在随后为时2天的8场研讨中，来自全国各地的60位学者、法师分别从南朝佛教史、南朝佛教义理、佛教艺术、佛教与文学、佛教与法律、佛教与道教等多方面进行了全面而深入的探讨。
5月11日中午，研讨会在取得了丰硕成果后，圆满闭幕。闭幕式由南京市佛教协会副会长马荣恩主持，南京市佛教协会副会长、灵谷寺方丈传静大和尚出席闭幕式。南京大学中华文化研究院程恭让教授对此次研讨会作总结发言，程教授在发言中指出，南朝时期的南京是佛教的翻译中心、义学中心、思想中心、信仰中心和文化中心，他充分肯定了此次研讨会所取得的成绩，对学者们的论文进行了客观而全面的评价。南京大学思想家研究中心傅新毅教授代表学者发言，傅教授对研讨会的成功举办表示衷心祝贺，同时对研讨会取得的丰硕研究成果表示赞叹，他希望南京鸡鸣寺和江苏尼众佛学院能够再接再厉，在今后坚持办好此类研讨会，为南京佛教文化学术发展做出越来越多的贡献。南京大学社科处处长王月清教授在讲话中充分肯定了此次研讨会对南京佛教史研究中的重要意义，他希望与会学者能够经常莅临南京，借助“江苏尼众佛学院”和“同泰佛学研究院”的平台，对南京佛教进行系统而深入的研究。莲华法师作最后的答谢词，莲华法师对与会诸位学者的到来表示感谢，并希望能够以此为契机，为佛教培养更多人才。法师同时表示，此次研讨会的论文集将尽快结集出版，并将继续适时举办研讨会，为南京佛教学术研究贡献心力。
